La Tierra es devastada por un cataclismo sin precedentes provocado por el ?Gigante Negro? Armaros y la Lanza de Longinus? Todo formaba parte de un ?reinicio? para un nuevo «Plan de Complementación Humana». En el ?Valle de los Cuerpos? en el norte de África, Shinji desafía a Armaros, pero es derrotado tras serle arrebatado su propio ?corazón?. El Super Evangelion y la Unidad 02 se fusionan, y Asuka, convertida en el gigante rojo ?Crimson A1?, logra regresar. Mientras tanto, Rei Ayanami (Rei ?Torre?) y Kaworu, ambos atormentados por dudas sobre su propia existencia
