Como si su intención fuera la de anunciar el fin del mundo, el gigante negro Armaros apareció en la superficie de la Luna y arrojó la lanza de Longinus para estrangular la Tierra y someterla a catástrofes naturales sin precedentes. En mitad de un caos de tales proporciones, Hikari Horaki, la delegada de la clase de Shinji, a los mandos de una versión blanca de la Unidad 02, el EVA-EURO II, se interpuso en el camino del muchacho y su Super Evangelion. A medida que las intenciones de las distintas potencias se entremezclaban, ¿qué fue de Shinji y Ayanami? ¿Qué halló Asuka en su viaje a la Luna para dar con el origen de tantas anomalías? ¿Qué encontraron Kaji y Kensuke en su búsqueda de los restos de Seele? ¿Y qué le ocurrió a Misato tras ser secuestrada por Ayanami Nº Quatre? Esta es la historia de una posibilidad alternativa de Evangelion a partir del episodio 24 de la serie animada, revivida tras diez años de su publicación original.
