Kyon es un estudiante de bachillerato que creía haber dejado atrás las fantasías sobre alienígenas, viajeros en el tiempo y fenómenos sobrenaturales... hasta que, en su primer día de clase, conoce a la impredecible Haruhi Suzumiya. Convencida de que la vida normal es aburrida y, después de perder el interés por todos los clubes, Haruhi decide fundar la Brigada S.O.S., un grupo dedicado a investigar todo tipo de misterios. Sin comerlo ni beberlo, Kyon acaba viéndose arrastrado a sus delirantes aventuras junto a un grupo de compañeros tan excéntricos como ella o incluso más. Pero, mientras buscan fenómenos paranormales, Kyon empezará a descubrir que quizá el mayor misterio de todos sea la propia Haruhi, que posee ciertos poderes que ella misma parece desconocer.
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